0093 Weblog

RStudio for Mac OS X で日本語のプロットが上手くいかない場合の対処法

2011-05-20T20:48:00.000+09:00

皆さん，RStudio使ってますか？
ようやく日本語を入力できるようになりましたよ！
日本語のディレクトリ以下にあってもファイルを開けるようになりましたよ！
まだBuggyな部分はあるけどデイリービルド
http://www.rstudio.org/download/daily/desktop/
で日々修正されてますよ！
使わない手はありませんよ！

というわけでそんな中，Mac OS Xの環境で日本語をプロットしようとすると↓な感じで文字化けする問題はなかなか解決されていませんでした．

元々，R for Mac OS Xではデフォルトで日本語のプロットが出来ないという難がありましたが，
ココとかココの方々の偉大なTipsのお陰で特に問題なくプロットできていました．
しかし，その問題がRStudioで再発してしまっていて，にっちもさっちも行かない状態になっていたので，つたない英語で質問を投げてみたところ，
ようやく解決法がわかりました，Rstudioのサポートの皆様に感謝感謝（こちらのtypoで迷惑かけて申し訳ない）．

結局原因は，macfontdevsの設定にあったようで
macfontdevs=c("quartz","quartz_off_screen", "RStudio")
とすることでうまくいきました．
北大の久保先生のページに掲載されていた.Rprofileを元にRStudio向け修正版を書くと

setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
    function(...){
        if(.Platform$OS.type == "windows")
            grDevices::windowsFonts(sans ="MS Gothic",
                                    serif="MS Mincho",
                                    mono ="FixedFont")
        if(capabilities("aqua"))
            grDevices::quartzFonts(
              sans =grDevices::quartzFont(
                c("Hiragino Kaku Gothic Pro W3",
                  "Hiragino Kaku Gothic Pro W6",
                  "Hiragino Kaku Gothic Pro W3",
                  "Hiragino Kaku Gothic Pro W6")),
              serif=grDevices::quartzFont(
                c("Hiragino Mincho Pro W3",
                  "Hiragino Mincho Pro W6",
                  "Hiragino Mincho Pro W3",
                  "Hiragino Mincho Pro W6")))
        if(capabilities("X11"))
            grDevices::X11.options(
                fonts=c("-kochi-gothic-%s-%s-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*",
                        "-adobe-symbol-medium-r-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*"))
        grDevices::pdf.options(family="Japan1GothicBBB")
        grDevices::ps.options(family="Japan1GothicBBB")
        }
)

attach(NULL, name = "JapanEnv")
assign("familyset_hook",
       function() {
            winfontdevs=c("windows","win.metafile",
                          "png","bmp","jpeg","tiff","RStudio")
            macfontdevs=c("quartz","quartz_off_screen","RStudio")
            devname=strsplit(names(dev.cur()),":")[[1L]][1]
            if ((.Platform$OS.type == "windows") &&
                (devname %in% winfontdevs))
                    par(family="sans")
            if (capabilities("aqua") &&
                devname %in% macfontdevs)
                    par(family="sans")
       },
       pos="JapanEnv")
setHook("plot.new", get("familyset_hook", pos="JapanEnv"))
setHook("persp", get("familyset_hook", pos="JapanEnv"))

で↓な感じで万事うまく行きました（赤色のが新規に書き加えたところ）．

これで日本語をプロットするときもOKです．

やったね！

Rstudioがリリースされたよ！

2011-03-02T09:58:00.001+09:00

ちょっと奥さん聞きました！？RStudioっていうR用のIDEがあるんですってよ！
ってことでR-bloggersの方で紹介されていたので使ってみました。
ダウンロードは↓から！
http://rstudio.org/

プラットフォームはMac，Linux，Windowsの全てに対応してるらしいので，Macユーザのあなた（というか俺）も安心です！
IDEの画面は↓のような感じ．

うむうむ，なかなかいい感じです．デフォルトではエディタが起動していませんが，起動してあげるときちんと色分けもされます．
コマンド入力途中にTabを押すと

な感じで，候補を出してくれます．すげぇ！
ちなみにエディタから実行するには
行のみの場合：Command+Enter
全体の場合：Command+Shift+Enter
でいけるようです．
EmacsのESSのようにfor文の補完がないのが残念ですが，まだ出たばっかりなのでしょうがないかな．

さて，気になる日本語対応ですが…

ガッデム！まだ対応していないようです…ここさえ治ればほぼパーフェクトなのですが．今後に期待といったところでしょう．
R向けのエディタはESSやTinn-Rなどがありましたが，若干一見さんお断りの雰囲気があったので，こういうのがスタンダードになってくれるとありがたいです．

Mac OS X 10.6 Snow LeopardにOpenCV2.2をインストールする（Pythonでの動画出力問題解決（？）付き）

2011-02-15T23:43:00.001+09:00

皆様、OpenCV2.2がリリースされましたね。
巷では
MacPortsで簡単インストール！これで君も明日からOpenCVユーザー！
って感じで話題になってますね。
嘘を言うな！
…っていうのは冗談で自業自得でした、ハイ。

結局何が原因だったかというと、昨年ソースから頑張ってインストールしたOpenCV。
それが邪魔してMacPortsのインストール時にコケてたみたいです。
というわけで
Mac OS X 10.6 Snow Leopard でMacPortsを使ったOpenCVのセットアップ方法（MacPortsで入れたPythonも使えるようにする）
なんて記事を参考にOpenCVをインストールしてしまったそこのあなた！
まずは頑張っていれたOpenCVをアンインストールしましょう。

cd opencv/build
sudo make uninstall

でアンインストールしましょう。これでさっぱり綺麗になったはずです。

これでようやくMacPortsでのOpenCVのインストールが出来ます。
インストール方法は実に簡単。

sudo port selfupdate（MacPortsのPort情報を最新に）
sudo port install opencv +python26（PythonでOpenCV使わない場合はsudo port install opencvおんりー）

でインストールできるはずです。
いい時代になったもんだ。というか今までの苦労なんだったんだ。

Pythonの動画書き出しで変な動画ファイルが出力される
ナウなヤングにPython大人気じゃないですか。
でOpenCVでも使えるってんだから使わない手はないじゃないですか。
ということで昨年あたりからPythonベースで（Windowsで）OpenCVの色々なものつくってきたんですが、んじゃそろそろメインのMacでもやるべかということでやってみたらハマった。
とりあえずサンプルコードのcamera.pyを改造して、動画の出力をやったら

こんな感じでどうも動画がうまく保存されない。ウィンドウにはきちんと表示されてるので、カメラが原因でもない、さてなんのこっちゃということでOpenCVのメーリングリストに色々と投げてみたんですが、とりあえず自己解決。

Windowsでは必要なかった（はず）なんだけど、

hogeimage = cv.QueryFrame(hoge)

でとってきたイメージを

copyimage = cv.CreateImage(size, cv.IPL_DEPTH_8U, 3)

で作った構造体に

cv.Copy(hogeimage, copyimage)

って感じでコピーしてから

cv.WriteFrame(writer,copyimage)

って感じで書きこまなきゃいかんらしい。
（ここでwriterはcv.CreateVideoWriterで作ったやつ ）
これ解決するのに１週間費やしてしまった…まぁ当然といえば当然なんだけど、むしろなんで今までWindowsで動いてたんだろうか。
とりあえずここを参考にちょっと変えたサンプルコードを載せておく。
（参考元では、上手く動かなかったcv.WriteFrame(writer,hogeimage)でやってるけど、他の人はこれでも動くのかしらん）

import cv

if __name__ == "__main__":
    #カメラの設定
    cam = cv.CaptureFromCAM(0)
    #カメラの情報から解像度取得
    size = (int(cv.GetCaptureProperty(cam, cv.CV_CAP_PROP_FRAME_WIDTH)),
        int(cv.GetCaptureProperty(cam, cv.CV_CAP_PROP_FRAME_HEIGHT)))
    #ビデオライタの作成：出力設定
    writer = cv.CreateVideoWriter(
        "video.avi",
        cv.CV_FOURCC('P','I','M','1'),
        30,
        size)
    #空の画像イメージ作成
    copyimage = cv.CreateImage(size, cv.IPL_DEPTH_8U, 3)
    #録画開始
    while True:
        #カメラから画像を取ってくる
        hogeimage = cv.QueryFrame(cam)
        #hogeimageの内容をcopyimageにコピー
        cv.Copy(hogeimage, copyimage)
        #コピーしたイメージを書き出し
        cv.WriteFrame(writer, copyimage)
        #画像の表示
        cv.ShowImage("Cam", copyimage)
        #ESC押したら終了
        if cv.WaitKey(10) == 27:
            break

とりあえずここ数日喉に引っかかってる骨がとれた感じ。
めでたしめでたし

KinectをMacで使ってみる

2010-11-23T23:55:00.002+09:00

とはいっても本当にデモ動かした程度ですが…

ナウなヤングにKinectが大人気！
ということで触ってみました．
このKinect，何がすごいって深度センサー（センサと対象の大まかな距離がわかる）がある．
とりあえずインストールはココを参考にしてやりました．
いちおう日本語にまとめておくと，

１．前もってgitとcmakeをインストールしておきます．
私の場合はmacportsを使って

sudo port install git-core
sudo port install cmake

でやっちゃいました．

２．適当なフォルダを作り，そこに移動します．
私の場合はユーザ以下のSourcesというディレクトリで作業を行っているので

mkdir Sources（既にある人は必要なし）
cd Sources

といった形で移動します．

３． libfreenectをGitで持ってきます．
ここは

git clone https://github.com/snicholls/libfreenect.git

と打ってやればOK
するとSourcesフォルダ以下にlibfreenectというディレクトリが出来ます．

４．インストールします
イケメンたちが自動インストールのシェルスクリプトをつくってくれたみたいです．
というわけでここは

cd libfreenect/platform/osx/ chmod +x osx-setup.sh sudo ./osx-setup.sh

でOK．スゴーイ
（もし↑ダメだったらココを参考にやってみるといいかも）

というわけで実際に実行してみましょう．

cd ../../
cd c/build/examples
./build

で実行出来るはずです（↓こんな感じ）．

ちなみに後ろの汚い部屋については突っ込みはない方向で…はぁ片付けなきゃ…
実行の際に

GL thread Failed to submit xfer 1: -99 Failed to submit xfer 2: -99 Failed to submit xfer 3: -99 Xfer error: 1 Failed to submit xfer 1: -99 Failed to submit xfer 2: -99 Failed to submit xfer 3: -99 Xfer error: 1

とかいうエラーが出て実行できない場合は，一度ココに置いてあるサンプルアプリを実行してからもう一度やってみると，うまく動くかもしれません．
というか私はそれでした，なんのこっちゃ．

ちなみに実行結果を見てみるとTerminal上に加速度データがでてるんですが，Kinectって据え置きセンサーだったよね？
なんか意味あるのかしら？
カッコイイだろう！！(ｷﾞｬｷｨｯ)
ってだけで付けたのなら面白いけど．

さて，ソースを見てみるとなんかPythonのサンプルコードもあります．
実行してみるとfreenect.pyの段階でコケてしまいますが，OpenCVとも連携していてこれは使えそう．
今後に期待のツールですね．

Mac OS X 10.6 Snow Leopard でMacPortsを使ったOpenCVのセットアップ方法（MacPortsで入れたPythonも使えるようにする）

2010-07-11T15:32:00.008+09:00

####MacPortsを用いたOpenCV 2.2のインストールに関する記事をまとめてあります．コチラへどうぞ####

##参考サイト
・Setup von OpenCV und den Python-Bindings unter Mac OS X（ドイツ語注意）

##必要なもの
・最新版のXcode
・MacPorts（執筆時点最新版：1.9.1）
・何度失敗しても折れない心

##1.MacPortsのインストール
これに関しては過去の記事を参照．
きちんとセットアップ後に

sudo port -d selfupdate
sudo port -d sync

を実行しておくこと

##2.必要なライブラリのインストール
これは全部MacPortsにお任せ
・Subversionのインストール

sudo port install subversion

・Cmake-Toolsのインストール

sudo port install cmake

・pkg-configのインストール

sudo port install pkgconfig

・libjpeg, libtiff, libjasper, libpng, zlibのインストール

sudo port install jpeg tiff jasper libpng zlib

・ffmpeg, gstreamer, libdc1394のインストール

sudo port install ffmpeg gstreamer libdc1394

##3.OpenCVのダウンロード
適当なディレクトリhogeで

svn co https://code.ros.org/svn/opencv/trunk opencv

とするとダウンロード可能
svnの段階で「サーバー証明書でエラー出てるけどほんまにダウンロードしまっか？セキュリティとか大丈夫でっか？」的なことを聞かれるので「p」を押してでダウンロード
するとディレクトリにopencvというフォルダが出来，その中には「opencv」と「opencv_extra」という二種類のフォルダが出来る．

##4.PythonのMacPortsでのインストール
MacPortsでPython2.6とデフォルトのPythonの選択ツールであるpython_selectのインストール

sudo port install python26
sudo port install python_select

インストールが完了したら，

sudo python_select python26

として，MacPortsでインストールしたPython26を設定する．
設定後に

which python

として，

/opt/local/bin/python

が帰ってくればOK

##5.OpenCVのセットアップ
ダウンロードしたopencv内のopencvフォルダにbuildディレクトリを構築する

cd opencv
mkdir opencv/build
cd opencv/build

そこでCMakeを実行

sudo cmake -G "Unix Makefiles" ..

実行終了したら，ccmakeで設定ファイルの編集を行う

sudo ccmake .

設定画面に写ったら（↓みたいな感じ），まず「t」キーを押して，アドバンスドモードに移行する．

そして以下の項目を設定する（該当項目でReturn（Enter）キーを押して，：より右側の項目を入力すればOK）

BUILD_NEW_PYTHON_SUPPORT：ON
CMAKE_BUILD_TYPE：Release
CMAKE_INSTALL_PREFIX：/opt/local
PYTHON_EXECUTABLE：/opt/local/bin/python2.6
PYTHON_INCLUDE_DIR：/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Headers
PYTHON_LIBRARY：/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Python

入力が完了したら一度「c」キーを押してConfigureし，終了したら「g」キーを押して設定ファイルを生成する．．
ccmakeの設定が終了したら，

sudo make -j8

でmakeし，終了したら

sudo make install

でインストール

##6.終了後の設定
#設定ファイルにOpenCVの設定を追加
まず，使用しているシェルの設定ファイルに以下の項目を書き加える．

export PKG_CONFIG_PATH=$PKG_CONFIG_PATH:/usr/local/lib/pkgconfig
export PYTHONPATH=/opt/local/lib/python2.6/site-packages:$PYTHONPATH

上記の設定を加えることによって，MacPortsのPythonでもOpenCVのサンプルファイルが実行可能．

#Cのサンプルファイルのコンパイル
Cのサンプルファイルはopencv/samples/c以下に入っているので

cd opencv/samples/c

で移動し

sh build_all.sh

でコンパイル可能．

./lkdemo

とかすることによってサンプルを実行可能．

#Pythonのサンプルファイルの実行
Pythonのサンプルファイルはopencv/sample/python以下に入っているので

cd opencv/samples/python

で移動し

python lkdemo.py

とかすることによってサンプルを実行可能．

以上でとりあえずMac OS X 10.6 Snow Leopard でMacPortsを使ったOpenCVの環境構築を完了．
めでたしめでたし．

Mac OS XでのEmacs, ESSの環境構築

2010-04-19T20:43:00.007+09:00

###まえがき（長いので飛ばしてOK）
ちょっと前（というよりも先週末あたり）に研究室で，Rのエディタについての話題が上がりました（といっても私とボスの間だけですが）．
んで，jEditというJavaベースのエディタが話題になったのですが，どうも調べてみるとあんまり資料が無いご様子．
んじゃEmacsでESS環境構築しちゃうかと思い立って色々やってみたら思いのほかドツボにハマってしまったのでメモ．

###注意
とりあえずEmacsの右も左もわからないド素人の私（←ここ重要）が個人的に使い易い俺仕様の環境をゲットするためのメモです．
（特に.emacs.elは人の設定を切り貼りしているので無駄なところとか多々あると思います）
こんなんじゃだめだYO！という人はこれをベースにするも良し，自分で作るもよしです．

###個人的環境設定
##設置場所
今回のに必要なファイル（ESS最新版・auto-complete・auto-complete-acrなどなど）について，私は全て
~/Sources
フォルダ以下に置いています（R・CarbonEmacs・.emacs.el・.Rprofile除く）．
Emacsの設定ファイルである.emacs.elもそういうふうに記載していますので，
必要に応じて変更してください．
##Emacs・ESS俺仕様
・Mac特有のCommand+cとかは有効になってます
・メタキーはOptionキーに割り振ってます
・M（メタキー）-x RでRとか起動します（ついでに三画面分割したりします）
・ESSモードでは_を入力するとかってに<-に補完される機能を切ってあります
・あとなんかイロイロ設定した記憶がありますが忘れました
・勝手に背景透過にしたりしてます．
・ここらへんの設定変更も適当にググってください
##仕様？
・最初にM-x Rで起動すると，関数のauto-completeが起動しなかったりします．最初に.Rのファイルを開いてからM-x Rしましょう．

###参考にしたページ
##ESSとかそこら辺の設定
・ありえるえりあ
・Sheephead
##.Rprofileまわりの設定
・つぶやき〜
##その他
・いっぱい（いろいろ試行錯誤したので覚えていないページ多数）

###用意するもの（いろいろ試行錯誤したので必要ないものもあるかも）
・R
・CarbonEmacs
→CocoaEmacsが良い人はそっち使ってください（いくつか.emacs.elを修正する必要があるので注意）
・ESSの最新版
・auto-complete
・auto-complete-acr
・ess-R-object-popup.el（多分必要？）
・↑のを作ってくれた方々に対する深い感謝マインド
・俺仕様.emacs.el（継ぎ接ぎだらけで無駄が多いので要改良）
・俺仕様.Rprofile
・うまくいかなくても泣かない心
・自分の心理的安定を支えるためのコーヒー等々

###レシピ
##RとCarbonEmacsのインストール
Rはここらへんを参照．ちなみに最新版はR-2.10.1なので注意．
CarbonEmacsに関してはそのままApplicationフォルダにつっこみませう．

##.emacs.elと.Rprofileの設置
まず下準備ということで，上の俺仕様.emacs.elと.Rprofileをユーザ以下に設置します．
ファイル名はdotemacs.elとdotRprofileとなっていると思うので

cd ダウンロードしたディレクトリ
cp ./dotemacs.el ~/.emacs.el
cp ./dotRprofile ~/.Rprofile

で設置が完了します．

##ESS・auto-complete・auto-complete-acr・ess-R-object-popup.elの設置
上記の「用意するもの」からダウンロードしてきた
ESS・auto-complete・auto-complete-acr・ess-R-object-popup.el
を~/Sources以下に展開します
ちなみに各フォルダ名などは

ESS→ess-5.8
auto-complete→auto-complete
auto-complete-acr→auto-complete-a
ess-R-object-popup.el→~/Sources/R_Emacsフォルダ内

って感じにしてます
（↓こんな感じ（LIBSVMとかは気にしないでください））．

こんなん気にくわないYOって人は適当に俺仕様に変更した後に，.emacs.el内の最初に書いてある

(setq load-path (append (list
(expand-file-name "~/Sources/R_Emacs")
(expand-file-name "~/Sources/auto-complete")
(expand-file-name "~/Sources/auto-complete-a")
) load-path))

や

(load "~/Sources/ess-5.8/lisp/ess-site")

の部分を書き直しちゃってください．

これでEmacsを起動して，適当な.Rファイルを突っ込み，M-x Rすればそれっぽいのが動くと思います．

こんな感じ

Time Machineでバックアップできなくなった

2008-11-24T20:12:00.002+09:00

１時間おきにバックアップを取るTime Machineに少しうんざりしていたら（バックアップの時に少し遅くなるし，なによりディスクの音がうるさい），突然
「バックアップの作成を完了できません。バックアップディレクトリの作成中にエラーが起きました。」
とかいってバックアップしてくれなくなった．

うるさいやつでも突然になくなると寂しい…というのは冗談で，割とよく報告されている不具合らしい．
解決法は
シリーズ・個人的に気にする「Mac OS X 10.5」関連めも
を参照．

なんでも/Library/Preferences内にあるcom.apple.TimeMachine.plistファイルを消した後に，再起動すればいいだけらしい．
実際に試してみたら，バックアップがとれなくなったところからバックアップを再開してくれた．
めでたしめでたし

ちなみに１時間ごとのバックアップがあまりにウザイので，バックアップ間隔を調整するTimeMachineSchedulerというソフトを導入．
昨日は飲み会とかあってきちんと確認してないけど，まぁ寝るときにバックアップの音が気にならなかったので，上手く動いていると勝手に解釈します．
（今日家に帰ったら確認してみるけどネ）

MacOSX Leopardでドロップボックスが使えなくなったときの解決法

2008-11-14T03:57:00.002+09:00

どうしてこうなったかという話を始めると長いんですが，とりあえずそれは後日に書くとして，とりあえず解決法だけ乗っけておきます．

参考にしたWebSiteとしては以下に詳しく載っています．
"How to fix Drop Box permissions issues in 10.5"
流し読みですが，どうやらLeopardのACLs（Access Control Lists）に帰着する問題のようです．

具体的な解決策としましては，以下のコマンドを入力することによって，解決できるようです．

（↓これ全部で一行のコマンドなんで，がんばってコピーしてください）
chmod +a "short_username allow list,add_file,search,delete,add_subdirectory,delete_child,readattr,writeattr,readextattr,writeextattr,readsecurity,writesecurity,chown,file_inherit,directory_inherit" /Users/short_username/Public/Drop\ Box

使うときはshort_usernameのところを自分のユーザー名に変えてください．
これできれいさっぱり直るはず．
つかchmodとか使ったの久しぶりだなぁ．

ドロップボックスのアクセス権を確認してみると
drwx-wx-wx 4 hoge staff 136 10 23 16:20 Drop Box
だったものが，元の
drwx-wx-wx+ 4 hoge staff 136 10 23 16:20 Drop Box
に直ってました．

これで解決，満足満足

追記
解決法を探している過程で見つけたんですが，ドロップボックスの表記がDrop BoxかDropBoxかで色々議論があるご様子．
ターミナルで見るとDrop Boxなんだからこっちが正しいんじゃないでしょうか？
わざわざUNIXのフォルダ名でスペース空けてるわけだし．