MacPortsで入れたRをRStudioから使えるようにする

Posted by 0093 in , on 2015/04/02

（新マシン導入の際にいつも忘れてしまいがちなのでメモメモ） 

用意するもの
・MacPorts
・RStudio (最新版：http://www.rstudio.org/download/daily/desktop/)

メモ
指導教官から「MacのRが遅いんですけお！」と苦情があったので，色々やってみるとMac版RはデフォルトだとAtlasやLapackが使えていないことが判明．
デフォルトのRの場合はOSXに備わっているライブラリをシンボリックリンクさせて上げる方法で解決できるそうですが，俺最近RGUI使ってないんだよね…
（参考：Switching between R BLAS on OS X）
ということでMacPortsで入れたRをRStudioで使えるようにする方法です．

 １．MacPortsでRを入れる
セオリー通りsudo port installで

sudo port install R +accelerate +cairo +gfortran48 +recommended +x11
な感じでインストールします．+accelerateが高速化のキモです
（明示的に+atlasや+builtin_lapackで指定することも可能）．

 ２．RStudioでMacPortsのRを使えるようにする．
僕はzshユーザなので.zshrcに（bashの場合は.bashrc）
export RSTUDIO_WHICH_R="/opt/local/bin/R"
を書き加えることで，RStudioがMacPortsのRを使うようになります． これでRStudioからMacPortsで入れたRを使えるようになります．

おしまい

This entry was posted on 2015/04/02 at 14:59 and is filed under , . You can follow any responses to this entry through the RSS 2.0 . You can leave a response .