Rでteapotの立体モデルを表示

DavesWikiRMeshVisualizationに、Rでtaapotの立体モデルを表示する方法が掲載。

要teapot.nc(RMeshVisualizationにリンク有)

OpenGLのファイルをnetCDF形式に変換するらしいけど、方法が分からない。

さて、どうしたものか。



ソースからRのパッケージをインストール

ここに方法が掲載。

要は、"R CMD INSTALL -l [パッケージ名]"ってことでいいのかしらん?

でも、前にこの方法でやったけれども上手くいかなかったような。
PATHの設定とか必要なのかしらん。



MacOS X Ports

MacOS X Portsで、libjpegやlibpngなどをOSXのインストーラー形式で配布。

これならソースから./configure(こういう表現で良いのかな?)しなくて済みそう。
こういう便利なサイトって他にないのかしら?



R for Mac Wiki

R for Mac Wikiで、MacOSX上でRを使う場合のトラブルなどへの対処法を掲載。
色々と頼りになる情報が掲載されていて助かります。
つかこういうサイトってあんまり見かけないんですが、MacOSX上でRを使っている人って少ないのかなぁ…



LAM/MPIのインストール for MacOSX

+++++++++++++++++++++++++++++++++
## 前準備
X11とX11SDKをインストールしておく。


+++++++++++++++++++++++++++++++++
## Fink & FinkCommanderのインストール
Finkを以下のサイトからダウンロードする。
http://fink.sourceforge.net/index.php?phpLang=ja
2006年3月3日現在のバージョンは
Fink-0.8.0-Installer.dmg

dmg形式なので自動的にディスクイメージがマウントされる。
次にFink 0.8.0 Installer.pkgをダブルクリックして、画面に従ってインストールを行う。
インストールの最後にターミナル.appが開き、pathsetupのユーティリティが自動的に実行される。
その後、シェルの設定ファイルを書き換えるかどうか聞かれるのでSubmit(Yesだったかな?)をクリック。

その後、マウントされたディスクイメージの中のFinkCommanderというフォルダにあるFinkCommanderというファイルを、OSXのアプリケーションフォルダに移動し、インストールは終了。

## Finkの設定
http://fink.sourceforge.net/download/index.php?phpLang=ja
ここに細かい説明が書いてあるので省略。

## g77のインストール
GNUのfortran_77コンパイラであるg77をインストールする。
やり方はFink_Commander経由とターミナル経由の二つがあるが、ターミナル経由で
sudo fink install g77
と入力してインストールするのが一番手っ取り早いと思われる。



+++++++++++++++++++++++++++++++++
## LAM/MPIのインストール
lamのソースファイルを以下のURLからダウンロードする。
http://www.lam-mpi.org/
2006年2月16日現在のバージョンは
lam-7.1.1.tar.gz

適当なディレクトリ、例えば…
~/Documents/work/
にソースファイルを移動して。
tar zxvf lam-7.1.1.tar.gz
として解凍する。

~/.bashrc

export PATH=/usr/local/bin:/sw/bin:${PATH}
と書き加え保存する。
次に
~/.bash_profile

export DISPLAY=:0.0
source .bashrc
と書き加えて保存する。
これが終わったら一度ログアウトして再度ログイン。

その後
cd lam-7.1.1
./configure --with-rsh="/usr/bin/ssh -x"
make
sudo make install
でインストールは完了する。


+++++++++++++++++++++++++++++++++
##SSH RSA認証の設定
参考URL:http://homepage3.nifty.com/toralu/MEMO/ssh.html

>>>きちんとお互いのコンピュータでRSA認証による接続ができるようにしておくこと。


+++++++++++++++++++++++++++++++++
##NetInfoマネージャーの設定
>>>localhost本体の内容は絶対にいじらないこと

NetInfoマネージャーを起動し、/machines/localhostを複製する。
複製したlocalhost("localhostのコピー"という名前になってるはず)の内容を変更する。
変更するところは以下の3点
ip_addressを変更
nameを変更
servesを削除
この作業を自分のコンピューターの分を含めて接続するコンピューターの数だけ作る

例えば"Mac1"と"Mac2","Mac3"の3機で処理をするのなら、localhostの複製を3つ作成して、各複製を
==========
ip_address:***.***.***.***(対象のIP。)
name:Mac1
servesを削除
==========
ip_address:***.***.***.***
name:Mac2
servesを削除
==========
ip_address:***.***.***.***
name:Mac3
servesを削除
==========
のように変更する。

>>>ここで一度ログアウトして再度ログイン。


+++++++++++++++++++++++++++++++++
##lamhostファイルの作成
ホームディレクトリ以下にlamhosts(名前に特に制限はない)というファイルを作成する。
viなどを用いて中身を編集し、NetInfoマネージャーの項で変更したnameの欄を記入する。
上の例ならば
Mac1
Mac2
Mac3
といった感じ。


+++++++++++++++++++++++++++++++++
##RSA認証で互いを接続
SSH RSA認証の設定の項で行った接続を行う。
つまりは
Mac1 <-> Mac2
といった感じで相互接続。
やりかたはSSH RSA認証の設定の項にある参考URLのところに記載してあるのでここでは記さない。


+++++++++++++++++++++++++++++++++
##lamの起動
ここからはメインのマシンでの操作となる。仮に名前をMac1とする。

ホームディレクトリ(あるいはlamhostのファイルを作成したディレクトリ)に移動して、
lamboot lamhost
と入力することによってLAM/MPIが起動し、各マシンとの接続を行う。特にエラーが出なければ問題なく接続できていると判断していいだろう。

接続できてる機器を確認したい場合は
lamboot -v lamhost
と入力すれば、どうなっているか確認できる。


+++++++++++++++++++++++++++++++++
これでとりあえずLAM/MPIの設定は完了となる。